Je ne saisie pas si ton logiciel ouvre une page Web ou c'est une page Web qui ouvre ton logiciel pour le télécharger ou encore une page Web qui envoie un document à ton logiciel. Ce n'est pas clair.
Mais peut importe, c'est le navigateur qui décide. S'il reconnaît le document, il ouvrira le bon logiciel ou encore ira chercher le bon plugiciel (plug-in). Pour celà tu dois modifier manuellement la configuration du navigateur qui ouvre le document (basé sur l'extension).
Si c'est pour télécharger, met le dans un fichier ZIP. Ou si tu peux utiliser un langage serveur comme le ASP, force dans l'en-tête HTTM le type MIME du téléchargement.