J'ai trouvé pourquoi mes popUp se fesaient à l'arrière.
C'est que lorsque l'on a un navigateur (explorer) déjà ouvert le popUp de se navigateur se fait au même niveau que celui qui est déjà ouvert. Donc étant donné que vous avez un navigateur "Blur" et bien le popUp se fera également "Blur" .
Si vous fermer tous les navigateur ouvert et que vous refaite le teste et bien ça fonctionne comme prévus.!
Mon projet étant pour un CD-Rom, j'ai donc trouvé un autre solution. J'ai tout simple fait un autorun qui ouvre une page HTML avec la commande :
[autorun] shellexecute=mapage.html
cette commande permet d'ouvrir une page HTML sans être oubliger de passe par un fichier EXE